En el año 2005, con la puesta en marcha de la reforma de la salud, se crea la División de Políticas Públicas Saludables y Promoción, que incluye entre otros departamentos de los Alimentos, Zoonosis y Vectores. En junio del 2006 se crea un nuevo departamento de alimentos, a fin de abordar de manera integral la alimentación, en tanto la inocuidad y la calidad de los alimentos.
Logro 2006-2009.
En este periodo se desarrollo un fortalecimiento del programa nacional de la Inocuidad de los Alimentos, ejecutándose acciones en el ámbito, normativo, de recursos humanos y laboratorios. Se ejecuto el programa de Marea Roja, con el objetivo de prevenir la exposición de las personas por mariscos con el contaminante, el que durante el año 2009, fue reformulado, exitosamente incluyendo el enfoque de determinantes sociales de la salud. En el área de prevención, este departamento en conjunto con los departamentos de Epidemiología y Comunicaciones, participó en el desarrollo de las campañas comunicacionales contra las enfermedades entéricas ( lavado de manos) y de consumo seguro de mariscos (Vibrio Parahemolyticus). Reconociendo, la necesidad de contar con una institución encargada de proponer la Política Nacional de Inocuidad de los Alimentos, con el objetivo de proteger la salud de los consumidores y favorecer el desarrollo de Chile como potencia alimentaria, se crea Agencia Chilena de Inocuidad Alimentaria.
